储藏冬瓜的方法，有路面堆藏，也有效架藏的。堆藏是在路面铺一层麦草、或竹席或干净的河砂，随后把冬瓜按生长发育的模样逐一排污堆起。还可以把瓜放进竹筐，随后把竹筐叠起来，那样占地面积较少。适度自然通风，防止因为早中晚溫度转变使瓜身表层粘附水滴。

一般用竹筐包裝，也有效包装纸箱。小金瓜用纸包装以后首尾间插装进纸箱子，留意别让硬实的瓜柄刺坏瓜身。一般都用常温下储运，新鲜期两三个月。假如用超低温储运，在10-15℃下能够冷藏5-6月。留意，小于5℃将受冻害。

若是割开后，可将南瓜籽除掉，用薄膜袋装上后放进冷藏室储存。