甲酸乙酯作为硝酸纤维素、甲酸甲基纤维素等的有机溶剂，及其食品、烟草、谷物、干躁鲜果等的农药杀菌剂、杀幼虫剂和烟剂。甲酸乙酯做为香料可用以调和水蜜桃、香蕉苹果、苹果、杏、菠萝蜜、果实等香味，也可以做为无盐黄油、白兰地酒、米酒、葡萄酒等的香辛料。甲酸乙酯也是有机化学的化工中间体。比如在制药业工业生产，用以抗肿瘤药品富雪定、维生素b21的生产；甲酸乙酯与甲苯在甲醇钠-二甲苯水溶液中缩合反应必得乙酰基乙烯醇钠，与乙酰甘氨酸酯缩合反应再与硫氰化钾环合必得2-巯基咪唑-4-羧基乙酯。甲酸乙酯用以生产鱼腥草根素、痛惊宁、康复龙、噻嘧啶、噻啶苯芥、利血生、全生成法山莨菪等的药品。