平菇水分含量高时非常容易空气氧化霉变，产生发霉。因而，存储器皿内务必放进适当的小块石灰粉或干木碳等除湿剂，防止反潮。

新鲜香菇能用透气膜包裝后，放置冷藏室，可冷藏一星期上下，或立即冷藏储存。干香菇则应放到储物罐中储存，并最好是每个月取下，置放阳光底下暴晒一次，可储存大半年以上；也可以立即冷冻、冷藏储存，以防止腐败问题或长虫。

平菇宜放到里衬有防潮纸的铁听或坛、罐里，密封性存储；也能用防潮纸包囊后放进能盖严的小口瓶里，阻隔气体，放置荫凉干躁处，便可长久不会改变口味