肠道菌群失调的产生常见于应用抗生素和漫性活动性肝炎等。临床医学上长期性很多运用抗真菌药物后，大部分敏感菌和一切正常有益菌被抑止或消灭，但多重耐药菌则得到存活优点而很多繁育发病，如抗药性橙黄色葡萄球菌造成腹泻、败血症，对抗生素不比较敏感的白假丝酵母菌造成鹅口疮、阴道炎、肠胃和肛门口感染。

1.全身支持治疗

对实施大手术治疗病人，手术治疗前留意补充营养成分，也可以肌肉注射丙种球蛋白以提升机体免疫力功能。也可使用注射转移因子，免疫力脱氧核糖核酸、胸腺素等，也可以用白细胞介素-2。

2.发病原因医治

如因为巨结肠，胆囊炎造成的肠球菌过多繁育；维生素缺乏导致的肠球菌降低或消退；小胃肠功能过快而造成的酵母过多等，都务必先去除发病原因，随后再帮扶一切正常有益菌。