一是百合花为生津润滑利之品，药效偏于寒性，有一定的润肠润肠功效。因而，针对向来脾胃虚寒、胃肠阴虚内热、经常腹泻的人，就不适合用百合花，以防造成或加剧腹泻。即便是原本胃肠作用一切正常的人，因各种各样原因而造成腹泻时，也应无需百合花，说白了“肾气阴虚内热，二便滑泄者忌之”。（《本经逢原》）

二是百合花尽管能用以咳嗽群体，但关键用以肾阴虚之慢性咳嗽，而不可以用以一般的肺热咳嗽。因寒症咳嗽的治疗宜散、疏、宣，而忌收、敛、润。而百合花毫无宣散之性，而具润养之功，用之反倒会导致“闭门留寇”，而使咳嗽更难医治，甚则加剧咳嗽，变生他故，故《本草求真》强调百合花“初咳不适合遽用”。