大多数白癜风为散发病例，没有家族史。约20%的白癜风患者在其一级亲属中可见到其他白癜风患者。只在某些多个患者的家系中呈现显性遗传的方式，这类白癜风需与遗传性皮肤白斑病(leukoderma)如花斑病(piebaldism)、Waardenburg综合征等进行区别。花斑病主要由KIT1或KITL基因的突变所引起，呈常染色体显性遗传。WS可区分为至少四种亚型WS1-WS4，分别由于PAX3，MITF(WS2)，SNAI2(WS2)，SOX10(WS4)，EDN3(WS4)，EDNRB(WS4)等基因的突变所引起，主要表现为常染色体显性遗传，部分WS2或WS4可表现为常染色体隐性遗传。

双生子实验表明遗传因素在白癜风中起重要作用。利用连锁分析目前已鉴定出至少4个白癜风基因位点，分别称为AIS1(1p31.3-32.2)，AIS2(Chr7),AIS3(Chr8),AIS4。其中FOXD3可能是AIS1的重要候选基因，SLEV1可能是AIS4的重要候选基因。中国汉族人中发现一个较独特的连锁位点是4q13-21。关联分析表明白癜风和大多数自身免疫性疾病一样，表现为与HLA位点的强关联性，以及与PTPN22，CTLA4的关联性。此外，还有其它一些候选易感基因位点，但结果多难重复。一个位于2p16的的VIT1/FBXO11基因在白癜风中的表达明显异常，但尚未证实其与白癜风发生的病理机制。