近些年的临床医学报导说明，藿香正气水的副作用具体表现为过敏症状。某些病人服食藿香正气水后出現过敏性皮疹、过敏性休克、过敏性紫癜及其心跳过速等副作用，因而非常是有过敏性体质者应用本药时留意安全用药。

一般主要表现为服食藿香正气水后出現皮肤瘙痒、皮疹等状况，一些过敏性体质的病人还可能因而引起支气管哮喘。它是因为藿香正气水中常含的广藿香油和紫苏叶油都归属于挥发物物质，非常容易造成超敏反应。

此外，藿香正气水在生产制造加工工艺中选用乙醇做为溶媒，其酒精浓度常达到40%到50%，因此 一些对乙醇较为比较敏感的患者服食藿香正气水后有可能出現喝醉的主要表现。也有一些临床医学报导体现服食藿香正气水后会出現心跳过速、反射性肠梗阻及其紫癜等状况，但产生的概率较低。

因而，尽管藿香正气水归属于非处方药品，能够在药房自主选购，但还要留意用药安全的问题。